35 χρόνια τώρα υπάρχει ο προβληματισμός σχετικά με το αν είναι επιβλαβές ή όχι το αμάλγαμα. Ο προβληματισμός και οι έρευνες προκλήθηκαν από την ύπαρξη υδραργύρου στην σύσταση του αμαλγάματος, ένα στοιχείο που θεωρείται τοξικό και μη ραδιενεργό.
Οι ερευνητικές εργασίες ανέφεραν ότι εντοπίζεται υδράργυρος στον ανθρώπινο οργανισμό αλλά και εφιστούσαν την προσοχή στην μόλυνση του περιβάλλοντος από τα απόβλητα του αμαλγάματος.
Μέχρι σήμερα πάντως δεν έχει υπάρξει τεκμηριωμένη άποψη που να συνιστά επιβλαβή την ποσότητα υδραργύρου που υπάρχει στο αμάλγαμα. Επιστήμονες αναφέρουν ότι η ποσότητα υδραργύρου που εισέρχεται στον ανθρώπινο οργανισμό από τα αμαλγάματα είναι μηδαμινή μπροστά στη ποσότητα που λαμβάνουμε από τον αέρα ή τις τροφές.
Μεγαλύτερο είναι το πρόβλημα της μόλυνσης του περιβάλλοντος από τα απόβλητα του αμαλγάματος, κάτι που οι οδοντίατροι πρέπει να είναι πολύ επιμελής ως προς τον τρόπο απομάκρυνσης τους από το οδοντιατρείο.
Όσον αφορά την περίοδο της εγκυμοσύνης και το αν πρέπει ή όχι εκείνη την περίοδο η γυναίκα να τοποθετήσει ή να αφαιρέσει αμαλγάματα, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή αναφέρει σε έκθεσή της το 1998 ότι δεν υπάρχει κανένας λόγος ανησυχίας. Παρότι πρέπει να είναι προσεκτική μια γυναίκα κατά  την περίοδο της εγκυμοσύνης, καθώς ο υδράργυρος μπορεί να διασχίσει τον πλακούντα αλλά να ανιχνευτεί και στο μητρικό γάλα, η Επιτροπή δεν το απαγορεύει.
Η σύνθετη ρητίνη από την άλλη παρουσιάζει επίσης ενδιαφέρον καθώς συστατικά της έχουν οιστρογονομιμιτική δράση, κάτι που μπορεί να παρουσιαστεί μετά από ατελές πολυμερισμό. Για τη σύνθετη ρητίνη όμως υπάρχει ανάγκη περαιτέρω έρευνας.

Η νικοτινική στοματίτιδα είναι νόσος που εμφανίζεται στους μανιώδεις καπνιστές και οφείλεται συνήθως στην θερμότητα που αναπτύσσεται στο στόμα και  στην δράση των χημικών προϊόντων διάσπασης του καπνού.
Στην αρχή της νόσου εμφανίζεται μια ερυθρότητα στην υπερώα και μετά μικρά στρογγυλά εξογκώματα, κόκκινα στο κέντρο, που περιβάλλονται από μια λευκή περιοχή. Στο πέρασμα του χρόνου αυτές οι περιοχές ενώνονται και μοιάζουν με λευκές πλάκες. Ο ασθενής δεν έχει ιδιαίτερα συμπτώματα, εκτός ίσως από κάποια αίσθηση καψίματος στην υπερώα.

Οι προαναφερθείσες αλλοιώσεις που προκαλεί η νικοτινική στοματίτιδα είναι οπτικά ορατές και στον ασθενή αλλά ιδιαίτερα στον γιατρό που διαγνώσει την νόσο. Το πρώτο βήμα θεραπείας είναι η αποκοπή από το κάπνισμα. Ύστερα αναλόγως το στάδιο της νόσου θα δοθεί κάποια θεραπεία από τον ιατρό ή θα προχωρήσει σε χειρουργική αφαίρεση των αλλοιώσεων.

Η πιο συνηθισμένη ασθένεια στην οποία οφείλεται η κακοσμία του στόματος είναι η ουλίτιδα και η περιοδοντίτιδα. Οπότε στον επόμενο προγραμματισμένο οδοντιατρικό έλεγχο που θα κάνει κάποιος θα φανεί εάν ισχύει κάτι τέτοιο.
Εάν ο ασθενής υποφέρει από αλλεργικές κρίσης η κακοσμία του στόματος θα είναι ένα από τα συμπτώματα λόγω των βλεννών που συγκεντρώνονται στη ρινική κοιλότητα ή ακόμα και σε κατάσταση ξηροστομίας πιθανόν να εμφανίζεται το σύμπτωμα της κακοσμίας.
Ο διαβήτη επίσης μπορεί να είναι υπαίτιος της κακοσμίας του στόματος, λόγω της ελλιπής παραγωγής ινσουλίνης στον οργανισμό με αποτέλεσμα να γίνεται καύση λίπους, κατά την οποία παράγονται χημικές ουσίες υπεύθυνες την κακοσμία του στόματος.
Υπάρχει επίσης η περίπτωση της ηπατικής απόπνοιας. Ασθένεια που επηρεάζει το συκώτι και η κακοσμία του στόματος είναι το πρώτο σύμπτωμα που εκδηλώνεται στον ασθενή.
Έχει παρατηρηθεί κακοσμία στόματος σε ασθενείς με νευρική ανεπάρκεια. Ο λόγος πιθανολογείται ότι οφείλεται στις μεταβολικές διεργασίες του οργανισμού, οι οποίες με τη σειρά τους προκαλούν ξηροστομία, άρα δεν εκκρίνεται επαρκές σάλιο για την αποφυγή της εξάπλωσης βακτηρίων στο στόμα.
Κακοσμία του στόματος θα συναντήσουμε και σε ασθενείς με γαστροοισοφαγική παλινδρόμηση αλλά και σε ασθενείς με αυτοάνοσα σύνδρομα όπως το Sjogren. Στο σύνδρομο Sjogren, το ανοσοποιητικό επιτίθεται σε εξωκρινείς αδένες όπως οι σιαλογόνοι, και προκαλούν ξηροστομία άρα κατ’επέκταση και κακοσμία του στόματος